Na região, sobrevivem várias espécies raras e ameaçadas de extinção, como o pau-brasil, o jacarandá e a maçaranduba, além de uma grande variedade de orquídeas, filodendros, palmeiras e bromélias.

A fisionomia geral da vegetação da Estação Veracel é homogênea, ainda que se destaquem quatro diferentes formações: florestas de tabuleiro, matas de galeria e, em menor escala, as mussunungas e os brejos.

As florestas de tabuleiro são assim chamadas porque ocorrem nos platôs. Na comparação com outras formações de matas neotropicais, apresentam elevada diversidade de espécies e densidade de lianas.

Ocupam quase metade da área da Estação (49,7%), com concentrações de floresta praticamente virgens, com árvores centenárias de pau-brasil (Caesalpinia echinata) e jacarandá (Dalbergia nigra).

Já as matas de galeria são formações típicas dos vales que entrecortam os tabuleiros. Entre as espécies típicas deste sistema sobressaem o jatobá (Hymenaea rubriflora) e a juçara (Euterpe edulis). A mata de galeria primária responde por 26% (ou 1.566 hectares) da área total da reserva.

A mussununga arbórea da Estação Veracel apresenta espécies como a carobinha Jacaranda obovata), o ipê-branco (Tabebuia roseo-alba) e a samambaia (Pteridium aquilinum).

Veja a tabela Intensidade de Ocorrência